שורשיה של עמותת הנבל והזמיר ביוזמותיו של אהרן צבי (א.צ.) פרופס, איש תרבות וחזון שפעל לקידום המוזיקה הקולית והאינסטרומנטלית בישראל. כבר בשנות ה־30 ייסד פרופס אגודות בשם "זמיר" בתל אביב ובוורשה, מתוך רעיון ליצור מסגרת בינלאומית למפגשי מקהלות יהודיות מרחבי העולם. יוזמה זו הבשילה בשנת 1952 עם הקמת מפעל הזמריה, מפגש המקהלות הבינלאומי שנערך בישראל והפך עם השנים לאחד ממפעלי התרבות הוותיקים והמוכרים במדינה.

במקביל לפעילותו בתחום השירה והמקהלות, פרופס יזם והקים בשנת 1959 את תחרות הנבל הבינלאומית בישראל, שהייתה - ועודנה - התחרות החשובה והיוקרתית בעולם בתחום זה. במשך שנים פעלו שתי המסגרות, אגודת הזמיר ואגודת תחרות הנבל, זו לצד זו, חלקו הנהלה ומשרד משותף ופעלו תחת חזון תרבותי משלים של קידום המוזיקה הווקאלית והמוזיקה האמנותית בישראל.

לאחר פטירתו של א. צ. פרופס, פעלו אגודת הזמיר ואגודת הנבל תחת ניהולה של אסתר הרליץ.
בשנת 1983 נרשמה אגודת הנבל כעמותה ובשנת 2004 בוצע איחוד תפעולי של שתי האגודות במסגרת ארגונית אחת, תחת השם עמותת הנבל והזמיר (ע"ר) בניהולה של אילנה ברנע, שריכזה את הניהול, המשאבים והפעילות הציבורית של שני המפעלים המרכזיים שטופחו בידי פרופס: הזמריה ותחרויות הנבל. מאז שימשה העמותה הגוף המנהל הן של הזמריה והן של תחרות הנבל הבינלאומית בישראל, ובהמשך - החל משנת 2011 - גם של תחרות הנבל הישראלית. מטרותיה הרשמיות כללו עידוד הנגינה בנבל, קידום החינוך המוזיקלי וטיפוח ההיכרות עם תרבות המקהלה והשירה.

במשך למעלה מארבעה עשורים הייתה העמותה גורם מרכזי בחיי המוזיקה בישראל. היא אירחה אלפי זמרים, מנצחים, נגני נבל ואנשי תרבות מהארץ ומהעולם, וקידמה חילופי תרבות בינלאומיים באמצעות פסטיבלים, תחרויות נבל, כיתות אמן ואירועים חינוכיים.

בשנותיה האחרונות התמודדה העמותה עם קשיים כלכליים וארגוניים. מגפת הקורונה פגעה בפעילות הבינלאומית של הזמריה ושל תחרויות הנבל, ובהמשך גרמה מלחמת "חרבות ברזל" לדחיית אירועים מתוכננים (כגון זמריית צירופים 2024, שבוטלה) ולמחלוקות עם משרד האוצר בנוגע לתמיכות שלא מומשו. על רקע זה נאלצה הנהלת העמותה להפסיק את פעילות הזמריה במסגרת העמותה, להחזיר את המותג "הזמריה" לאחריות משרד התרבות ולהמליץ על העברת הטיפול בו לעמותות מיל"ה והל"ל.

במרץ 2025 נפטר מנכ"ל העמותה, יוסי פרוסט, אשר עמד בראש פעילותה הניהולית והאמנותית מאז שנת 2010. לאחר פטירתו מילאה קולט אביטל, יו"ר העמותה, את תפקיד המנכ"ל בפועל והובילה את תהליך סגירתה של העמותה.

במרץ 2026 קיבל הוועד המנהל של העמותה החלטה מעשית לסיים את פעילותה ולהעביר את האחריות על תחרות הנבל הבינלאומית ועל תחרות הנבל הישראלית לידי עמותת ארתור רובינשטיין הבינלאומית למוסיקה המפיקה את תחרות רובינשטיין לפסנתר, בהתאם להסכמות שהתגבשו בין הארגונים בשנים שקדמו לכך. בכך הגיעה לסיומה תקופת פעילות בת יותר מארבעים שנה, שבמהלכה הייתה עמותת הנבל והזמיר אחד הגופים המרכזיים בקידום המוזיקה, המקהלות והנבל בישראל.